systems biology ورقة بحثية

Benchmarking Static Gene Regulatory Network Reconstruction and Dynamic Transition Probing in Single-Cell Foundation Models.

تقدم هذه الورقة معياراً موحداً يثبت أن النماذج التأسيسية للخلية الواحدة تشفر أولويات تنظيمية وديناميكية جينية قابلة للانتقال، حيث تتفوق مكونات محددة مثل تضمينات الرموز (token embeddings) في نموذج scGPT ورأس إعادة البناء (reconstruction head) في نموذج scFoundation على الطرق الكلاسيكية في إعادة بناء الشبكات الساكنة واستقصاء الانتقالات الديناميكية في ظل إعدادات الصفر المعرفي (zero-shot settings).

Ye, z., Yang, N., Yang, X., Mao, X., Tang, C.2026-05-20

📄 علم الأحياء النظمية

Signed motif analysis of the Caenorhabditis elegans neuronal network reveals positive feedforward and negative feedback loops

تقدم هذه الدراسة أول تحليل للنماذج الموقعة (signed motif analysis) للشبكة العصبية لديدان *C. elegans*، كاشفةً عن وفرة مفرطة في أنماط محددة ثلاثية العقد مثل حلقات التغذية الأمامية الإيجابية وحلقات التغذية الراجعة السلبية ذات التخطيطات العصبية المتميزة، مما يثبت جدوى تحليل النماذج الموقعة لفهم التنظيم البيولوجي للشبكات.

Szilagyi, G. S., Gulyas, A., Vassy, Z., Csermely, P., Fenyves, B.2026-05-18

📄 علم الأحياء النظمية

Discovering conserved regulatory modules in predicted gene regulatory networks across species

تقترح هذه الورقة خوارزمية تحسين متعددة الأهداف ومخففة تتغلب على قيود المحاذاة الطوبولوجية الصارمة لتحديد وحدات تنظيمية محفوظة، كبيرة ومتماسكة عبر الأنواع، من خلال استيعاب خرائط التناظر متعددة-إلى-متعدد في شبكات التنظيم الجيني الصاخبة.

Zhang, J., Heath, L. S.2026-05-16

📄 علم الأحياء النظمية

Protein Stability, Turnover Kinetics, and Abundance Constrain the Scaling of Protein Interaction Networks

تكشف هذه الدراسة أن الاستقرار البنيوي، وحركية التدوير، ووفرة البروتينات في خميرة *S. cerevisiae* تعمل كقيود رئيسية على شبكات التفاعل بين البروتينات، وتحديداً من خلال دفع تكوين المحاور شديدة الاتصال عبر انتشار البروتينات الوفيرة ولكن غير المستقرة، بينما تترك اختناقات الشبكة دون تأثير.

Goel, M., Nissley, D. A., Castellanos-Girouard, X., Kuntz, C. P., Wang, Y., Mukhtar, M. S., Serohijos, A., Schlebach, J. (…)2026-05-14

📄 علم الأحياء النظمية

Uncertainty-aware graph representation learning with positive-unlabeled classification for biomarker discovery in peripheral artery disease

تقدم هذه الورقة إطار عمل لتعلم التمثيل البياني المدرك لعدم اليقين يدمج التصنيف الإيجابي-غير المحدد وطرق التجميع لإعطاء الأولوية للمؤشرات الحيوية الجديدة والمعايرة جيداً لمرض الشرايين المحيطية، مما يظهر أداءً تنبؤياً متفوقاً وأهمية بيولوجية مقارنة بالنماذج المرجعية الحالية.

Ayyalasomayajula, V. S. R. K., Senders, M. L., Wolterink, J. M., Yeung, K. K.2026-05-13

📄 علم الأحياء النظمية

Computer experimentation on E. coli ammonium transport and assimilation reveals mechanisms for energy coupling, balanced futile cycling, and robust growth

من خلال التجريب الحاسوبي الذي قارن بين ستة نماذج حركية، تحدد هذه الدراسة آلية ارتباط كهربائي لنقل الأمونيوم في بكتيريا الإشريكية القولونية (E. coli) تفسر اقتران الطاقة وتكشف كيف يقلل التنظيم المنسق لناقل (AmtB) وإنزيم جلوتامين سينثيتيز من الدورات غير المجدية لضمان نمو قوي في ظل ظروف بيئية متغيرة.

Maeda, K., Kurata, H., Javelle, A., Westerhoff, H. V., Boogerd, F. C.2026-05-13

📄 علم الأحياء النظمية

TRAFIKK: systematic prediction and mechanistic interpretation of anticancer drug synergies

تقدم الورقة البحثية "Trafikk"، وهو إطار عمل قائم على شبكة الإشارات الجزيئية يحقق دقة تنبؤية عالية للتآزر بين الأدوية المضادة للسرطان مع توفير رؤى ميكانيكية حول كيفية ظهور هذه التأثيرات التآزرية عبر سياقات خلوية متنوعة.

Farinas, M., Bermudez, V., Tsirvouli, E., Zobolas, J., Aittokallio, T., Lehti, K., Flobak, A., Lippestad, K.2026-05-12

📄 علم الأحياء النظمية

Cross-tissue multiomics reveals that Akkermansia muciniphila counteracts metabolic syndrome by reprograming gut microbiota, oleoylethanolamide and the gut-hypothalamus axis

تُظهر هذه الدراسة أن بكتيريا *Akkermansia muciniphila* تخفف من متلازمة التمثيل الغذائي الناجمة عن الفركتوز عبر إعادة برمجة ميكروبيوم الأمعاء والميتابولوم لرفع مستويات الأوليوإيثانولاميد، والذي يقوم لاحقاً بتنشيط محور الأمعاء-المهاد لتحسين الصحة الأيضية.

Ha, S. M., Ahn, I.-S., Kowal-safron, T., Yoon, J., Olson, C. A., Diamante, G., Cely, I., Zhang, G., Wang, S., Garcia, K. (…)2026-05-11

📄 علم الأحياء النظمية

Simulation-conditioned generative modeling for biologically realistic pattern prediction

تقدم هذه الورقة إطار عمل توليديًا مشروطًا بالمحاكاة يجمع بين النماذج الميكانيكية خشنة الحبيبات ونماذج الصور التأسيسية لإنتاج أنماط اصطناعية واقعية بيولوجيًا، مما يتيح استنتاج الظروف التجريبية الأولية من البيانات البيولوجية الحقيقية في الحالات التي تندر فيها العينات التجريبية.

Sahu, K., Davis, H. M., Lu, J., Villalobos, C. A., Heyman, A., Simsek, E., You, L.2026-05-11

📄 علم الأحياء النظمية

Pan-cancer proteogenomic interrogation of the Ubiquitin Proteasome System

من خلال دمج البيانات البروتيجينومية الموحدة من ١١ كوهورت (مجموعة) من مشروع CPTAC، تكشف هذه الدراسة كيف تؤدي الطفرات الجسدية، ولا سيما فقدان TP53، والعوامل النوعية للسلالات، إلى إعادة تشكيل متميزة ومعتمدة على السياق لنظام اليوبيكويتين بروتيزوم، مما يحدد أطرًا ميكانيكية جديدة ونقاط ضعف علاجية لعلاجات التحلل الدقيق.

Gonzalez Robles, T. J., Khan, M., Sastourne-Haletou, P., Triola, M., Zhou, H., Kito, Y., Kaisari, S., Fenyo, D., Rona, G (…)2026-05-10

→ السابق التالي ←